El funcionamiento de la CNEP se sustenta en tres pilares fundamentales:

Autonomía del gobierno

Cuenta con un Consejo de cinco miembros, de carácter técnico y transversal.

Sus consejeros son destacados académicos y profesionales, nombradas por la Presidenta de la República por un período de tres años e inamovibles.

Sus recomendaciones no responden a instrucciones del Gobierno y se basan en análisis técnicos, con propuestas consideradas mejores prácticas en políticas públicas a nivel internacional.

Capacidad técnica de análisis

Basa sus recomendaciones en análisis técnicos, y busca implementar las mejores prácticas en política pública. En su gestión se apoya en una Secretaría Técnica conformada por profesionales de alta preparación y con experiencia en gestión pública. Sus recomendaciones se fundan en evidencia y criterios técnicos.

Transparencia y participación

Parte fundamental del proceso de formulación de recomendaciones de política pública provenientes de la Comisión, serán las consultas ciudadanas.

Se trata de  un mecanismo a través del cual se invita a la ciudadanía a participar de manera informada, pluralista y representativa en la elaboración de políticas y propuestas que formule la Comisión Nacional de Evaluación y Productividad respecto de materias estudiadas que promuevan la productividad de Chile.

El objetivo de esta herramienta es recoger las opiniones de la ciudadanía y generar una respuesta organizada al proceso de consulta.